男性一旦患上尿道炎，细菌常隐伏于尿道内，尤其是后尿道，并进入尿道隐窝、尿道旁腺、尿道球部、前列腺及精囊部、也可侵入输精管、附睾及睾丸，引起一系列并发症，如膀胱炎、前列腺炎。急性尿道炎处理不当，甚至并发尿道旁脓肿，脓肿破溃可穿透阴茎皮肤成为尿道瘘。
尿道炎可以引起男性不育的原因主要是因为炎症引起尿道狭窄和尿道口的梗阻，如波及输精管、附睾等时，可导致纤维组织增生、变形、瘢痕形成，造成输精管道阻塞；并发附睾、精囊、前列腺等炎症时，可影响精液质量，使精子成活率及活动力下降。
得了尿道炎后很多人问尿道炎吃什么药，厦门蓝天男科医师指出：药物治疗尿道炎效果不是特别好，有以下弊端。厦门男科医院那个口碑好
（1）潜伏隐匿感染。部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
（2）隐深部位的感染。由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，仍可因来自前列腺的感染而复发。
